How to plot a meta-analysis in R and Rstudio. [Shot of R]
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- čas přidán 20. 05. 2020
- If you like my content and want to, you can pay me for a coffee at: ko-fi.com/chupitosder so I won't fall asleep while doing the shots. I'll give Alejandro his half a coffee.
In this video tutorial we will explain how to visualize a meta-analysis in Spanish in R and Rstudio. This is the third video in a series of 4 videos.
In this third part we will teach you how to plot, visualize, graphically represent different meta-analyses. We will also show you how to layout it so that it is ready for publication.
Key information: www.metafor-project.org/doku.php
Syntax of the video.
github.com/pableres/meta-anal...
metafor package
cran.r-project.org/package=me...
#meta-analysis #meta-analysis #R
Translated with www.DeepL.com/Translator (free version) - Věda a technologie
![How to calculate the effect size in meta-analysis (meta-analysis) in R. [Shots of R]](http://i.ytimg.com/vi/yTreew9EjbU/mqdefault.jpg)
![How to calculate the effect size in meta-analysis (meta-analysis) in R. [Shots of R]](/img/tr.png)
![Los mejores paquetes para R y Rstudio. [Chupito de R]](http://i.ytimg.com/vi/1nWeKk2BW7k/mqdefault.jpg)
Adelante con este proyecto, saludos desde Colombia
Muchas gracias!!!
Muchas gracias 👍👍👍👍
Un placer ;)
Alucinante el vídeo y mis felicitaciones por este maravilloso proyecto con R.
Mi experiencia, y comparando el foresplot creado a partir de las funciones de los packages meta y metafor para hacer metaanálisis, creo que le sobrepasa con creces los objetos creado con "meta" para luego ser fácilmente graficados. Pero repito, es sólo mi experiencia, que puede ser limitada.
Mis felicitaciones de nuevo, estoy seguro que en poco tiempo seréis referencia en el mundo de R de habla hispana.
Jajaj, espero que no tengamos que ser los referentes nosotros. Creo que eres de la Universidad de Alicante, ¿no?. Nosotros somos de Elda. Aunque ahora no estamos por ahí. Yo no sé, nada de este tema, es Alejandro el que le mete al meta-análisis, yo solo un observador. Saludos ;)
No he probado mucho el forest de meta. Por lo poco que he visto tiene ventajas e inconvenientes. Es cierto, que para forest más complejos que los del vídeo el trabajo con metafor es un tanto lento. Sea como sea trataba de dar una visión en poco tiempo y usando un solo paquete. Le animo a quedar con Pablo para grabar un chupito de forest con meta dle que seré el primer espectador y el primer me gusta sin duda. Un saludo
@@PabloVallejoMedina @Alejandro Guillén Efectivamente, estoy en la UA y en cuanto tengo un ratito libre me gusta trastear el R. Y los chupitos de R son buenísimos. Muchas gracias Alejandro por la invitación, si puedo contribuir en algo no duden en preguntar que intentaré hacer hueco para darnos un chupito, mi correo seguro que ya lo saben. Seguro que podría surgir una buena colaboración, ya se me ocurren un par de chupitos.
@@pabli4 @Alejandro, pues de los paquetes que proponéis no me gusta ninguno para visualizar. Yo prefiero "metaviz" ;)
hola muchas gracias por los tres videos de meta-análisis. quisiera saber si se pueden establecer relaciones entre documentos por medio del meta-análisis, que me permitan reconocer el porqué de las relaciones que se están estableciendo.
Sí, claro es uno de los más importantes.
@@PabloVallejoMedina me podrias dar una guia o una aproximación de como poder realizarlo?
@@duvanhernandez3868 Vamos a Invocar a @alejandro Guillen !!
No entiendo muy bien la pregunta. Hay un tipo de Meta-análisis donde se realiza un tamaño de efecto medio de las correlaciones (al cuadrado o transformadas) de estudios primarios. Para ello, hace falta que varios artículos den la correlación entre variables igual o similares. De cada estudio extraemos dicha correlación y calculamos el meta-análisis. EL porqué siempre va ser teórico, en un meta-análisis solo sabremos si hay una relación entre variable o no, la interpretación y vínculos con teorías explicativas ya sería discutiendo esos resultados.
Espero haber respondido a su pregunta. Si no, no dude en escribi nuevamente.
saludos, nos comparte la base de datos
Pídesela a agr@ugr.es que ésta no es mía.
Hola, puedo pedir ayuda por correo? Intento graficar un forest plot de un data.frame .
Sí, claro.
Buenas. Claro, para eso estaba el mail en el video (agr@ugr.es). Un saludo
Hola, estoy haciendo un metanalisis con 63 estudios y el grafico del metanalisis me muestra solo 25 estudios, ¿esta funcion tienen un limite de estudios ? o puedo cambiar algun parametro para forzar a que el grafico me muestre todos los estudios incluidos? muchas gracias
La respuesta es no, no tiene limitación. Ese gráfico en principio se le pueden poner todo el número de estudios posibles. Si está cortando por un número de estudio concreto, seguramente sea una cuestión de o exportar o que el gráfico se está haciendo directamente en RStudio y la capacidad de la pantalla es lo que corta el gráfico o que no se ha dado suficiente espacio en la exportación. Entonces eso se arreglaría exportando el gráfico directamente a PDF, a JPG o a cualquier formato. Con la opción esta de por ejemplo TIF o con la opción de PDF antes de generar el gráfico y que algunas de esas opciones como por ejemplo TIF se le pueden poner parámetros de altura y anchura. Que pruebe con eso y que pruebe ampliar la altura hasta que le salgan los estudios suficientes. De todas formas dile que si no me escriba y ponle mi correo de la BIU a guillenruniversidadbiu.com. Gracias.
Mil gracias por sus videos. @ Alejandro e @pablo, es mi primera vez usando R, así como haciendo un metaanálisis. Podrían por favor ayudarme a solucionar un problema. Estoy tratando de hacer un forest , usando la función meta : : forest() , al cambiar la columna de la izquierda, (leftcols( )') omitiendo los valores de TE e seTE. La estadistica general del efecto desaparece y la columna de "autor se alinea en el centro. Podrían indicarme que línea de código debo adicionar para que los encabezados y los resultados de la estadística se mantengan ? (aquí se explica mejor mi problema stackoverflow.com/questions/60922095/need-help-modifying-forest-plot-code-in-r) Mil y mil gracias.
No entiendo muy bien. Esta sería mi sintaxis real para dos grupos en un solo MA. Show weigths es false porque los pongo después para cda una con pesos. Los rrows hace los huecos. Cambia en cada caso según nª de estudios por grupo.
Cualquier otra duda escríbame a agr@ugr.es. Gracias
forest.rma(resultMA1, addfit = FALSE , showweights= FALSE, xlim=c(-5.2,3),
#,alim=c(-5,1),
ilab=baseMA$pesos,
ilab.xpos=1.3,
order=order(baseMA$orden.2),
rows=c(1:13,17:47),col= 'white',
border='white',alim=c(-3,1),xlab='',ylim=c(0,51.5), mlab="",
cex=0.5, family="Times New Roman")
@@gguillen84 Mil gracias por responder. Caso tenga alguns duda, entrare em contacto.
Contesto, que sale que no he contestado.
@@PabloVallejoMedina hola no entendi muy bien el comentario . Pero, Alejandro me respondió hace algunos días. Mil gracias.
Congratulations for your excellent video. I would like to ask you if is it possible to add English substitutes or even better to make it in English
My English is not good enough to make the videos in English. I hadn't considered subtitles until now, but maybe it would be nice to include them. Thanks for the suggestion.
@@PabloVallejoMedina Thank you for your response. I think that your content is very helpful and possibly at least the subtitles will help to follow you on the tutorial
@@xriso1437 U want it, U got it. They are auto generated, but pretty much work.
@@PabloVallejoMedina Thank you very much. I think now is better. I would suggest you to make a video regarding the meta analysis of pre to post change in control and experimental group in Metafor package using the Morris related formulas
@@xriso1437 WE have some effect size calculations, not exactly with that formula, but close enough... now with English subtitles ;) czcams.com/video/yTreew9EjbU/video.html