Why are the tests run at a 30 threshold cycle? Why does your test run a higher cycle when a test should typically run 15-20? How do your PCR tests differ from the PCR tests that have been revoked (of EUA use) by the FDA due to in accuracies? If you’re running higher then 20 your digging to find a positive test.
As far i know, the number of cycle is depend on the DNA concentration. For low concentration DNA needs more cycle. In this webinar, they focused on the mini PCR product. And they stated that this machine not really suitable for medical test, especially for real time PCR (qPCR) for covid-19 test. Thanks
Izin bertanya : Saya menemui permasalahan pd riset saya dmn ikan yang saya teliti setlah di BLAST mnunjukkan hasil spesies ikan lain, jamur. Pertanyaannya 1. Kenapa primer bisa mengidentifikasi spesies lain? 2. Apakah ada hubungannya dgn GC pd primer/dna template? Makasih
Mohon maaf kak, spesies ikan lain atau spesies jamur? Jika spesies ikan lain, ada kemungkinan data sekuens gen dari ikan yang kakak teliti belum tersedia di NCBI sehingga tidak muncul. Namun jika hasilnya jamur, ada kemungkinan sampel kakak terkontaminasi DNA jamur sehingga itu yang teramplifikasi saat PCR. 1. Primer bisa mengidentifikasi spesies/organisme lain jika primer yang dipakai adalah primer universal (1 primer bisa mengamplifikasi banyak spesies/organisme). Primer ini didesain berdasarkan sekuens yang sama persis (conserve) di beberapa organisme. 2. Lebih kepada DNA template kak, karena jika tidak menggunakan primer spesifik khusus ikan, maka jika ada DNA kontaminan di sampel atau peralatan yang kakak pakai, dan kebetulan DNA kontaminan tersebut juga memiliki gen target kakak maka akan ikut teramplifikasi kak. Sedangkan kalau G/C content lebih berhubungan ke Tm dan Ta primer kak. Semoga jawaban saya membantu. Terima kasih.
Why are the tests run at a 30 threshold cycle? Why does your test run a higher cycle when a test should typically run 15-20? How do your PCR tests differ from the PCR tests that have been revoked (of EUA use) by the FDA due to in accuracies? If you’re running higher then 20 your digging to find a positive test.
As far i know, the number of cycle is depend on the DNA concentration. For low concentration DNA needs more cycle.
In this webinar, they focused on the mini PCR product. And they stated that this machine not really suitable for medical test, especially for real time PCR (qPCR) for covid-19 test. Thanks
Izin bertanya :
Saya menemui permasalahan pd riset saya dmn ikan yang saya teliti setlah di BLAST mnunjukkan hasil spesies ikan lain, jamur.
Pertanyaannya
1. Kenapa primer bisa mengidentifikasi spesies lain?
2. Apakah ada hubungannya dgn GC pd primer/dna template?
Makasih
Mohon maaf kak, spesies ikan lain atau spesies jamur?
Jika spesies ikan lain, ada kemungkinan data sekuens gen dari ikan yang kakak teliti belum tersedia di NCBI sehingga tidak muncul. Namun jika hasilnya jamur, ada kemungkinan sampel kakak terkontaminasi DNA jamur sehingga itu yang teramplifikasi saat PCR.
1. Primer bisa mengidentifikasi spesies/organisme lain jika primer yang dipakai adalah primer universal (1 primer bisa mengamplifikasi banyak spesies/organisme). Primer ini didesain berdasarkan sekuens yang sama persis (conserve) di beberapa organisme.
2. Lebih kepada DNA template kak, karena jika tidak menggunakan primer spesifik khusus ikan, maka jika ada DNA kontaminan di sampel atau peralatan yang kakak pakai, dan kebetulan DNA kontaminan tersebut juga memiliki gen target kakak maka akan ikut teramplifikasi kak. Sedangkan kalau G/C content lebih berhubungan ke Tm dan Ta primer kak.
Semoga jawaban saya membantu. Terima kasih.