En 2023, las noticias de un gran brote del virus "Manhattan", una enfermedad que provoca ruptura celular completa y el pánico sobre una invasión alienígena de los Ceph hacen que en Manhattan esté bajo la ley marcial, los soldados de CELL, una empresa militar privada a cargo de la corporación Crynet, con medidas abusivas causan el caos. Alcatraz, un soldado del ejército de los estados unidos que fue atacado y rescatado por Prophet el cual le entrega el Nanotraje 2, con la esperanza de que Alcatraz encuentre a Nathan Gould y salve a Nueva York.Después de los acontecimientos del apasionante Crysis original, los alienígenas han vuelto a un mundo arrasado por desastres climáticos. Mientras los invasores devastan Nueva York y empiezan un asalto que amenaza la aniquilación absoluta de la humanidad, solo tú tienes la tecnología para dirigir el contraataque.