Embora Faulkhead não tenha sido ativo no movimento maçônico por muitos anos, ele já ocupou um alto cargo e ainda era tido em alta conta por aqueles envolvidos no movimento.
Um homem capaz, Faulkhead serviu bem à igreja, mas com o tempo seus deveres maçônicos se tornaram tão extensos que afetaram a qualidade de seu trabalho para a Igreja e impactaram negativamente sua vida espiritual. Ele foi iniciado na Loja Kilwinning vitoriana nº 93 em 23 de julho de 1890 e se tornou Mestre lá em 24 de agosto de 1892. Faulkhead logo depois ocupou cargos em três comunidades de lojas e cargos de responsabilidade em outras três lojas. Essa ascensão meteórica e incomum nas fileiras das lojas exigiria que ele comparecesse a pelo menos nove reuniões de lojas por mês.
Alguns que trabalharam com Faulkhead expressaram sua preocupação sobre seu envolvimento, mas ele não foi receptivo aos seus conselhos. Dias após sua chegada à Austrália em dezembro de 1891, Ellen White soube da condição da imprensa em Melbourne e escreveu para várias pessoas de lá, incluindo Nathaniel Faulkhead e sua esposa. No entanto, a longa carta de Faulkhead não foi enviada, pois Ellen White estava convencida de que seu conteúdo não seria aceito.
Passou-se um ano durante o qual parecia cada vez mais provável que a atitude de Faulkhead levaria à rescisão de seu emprego denominacional. Em 10 de dezembro de 1892, Faulkhead sonhou que Ellen White tinha uma mensagem para ele. Profundamente impressionado, ele a procurou quando ela retornou a Melbourne alguns dias depois e perguntou se ela tinha algo a dizer a ele. Ela tinha uma mensagem que queria entregar há muitos meses, mas foi impressionada a não fazê-lo, pois não seria bem-vinda. Ela então discutiu um documento de 50 páginas com Faulkhead, focando principalmente em sua percepção espiritual embotada como consequência de seu forte comprometimento com a Maçonaria e várias outras sociedades. Ela descreveu o que aconteceu nas reuniões de loja que ele compareceu e duas vezes fez movimentos de mão que assustaram Faulkhead, pois eram sinais secretos conhecidos apenas pelos membros de mais alto escalão do movimento de loja maçônica - sinais que nenhum membro comum de loja e certamente nenhuma mulher poderia saber. Quando ele apontou o que ela havia feito, ele descobriu que Ellen White não sabia que ela havia fornecido esses sinais. Esta experiência convenceu Faulkhead de que o testemunho de Ellen White era de Deus. Embora ele tenha renunciado a todos os cargos de loja no dia seguinte, as renúncias não foram aceitas. Os maçons exigiram que ele completasse os nove meses finais de seu mandato eleito, esperando que isso mudasse sua mente. Este foi um momento de provação para Faulkhead, mas em setembro de 1893 ele conseguiu escrever para Ellen e Willie White que todos os seus relacionamentos com a Maçonaria estavam encerrados. Ele também expressou sua gratidão a Deus e Seu mensageiro pela direção que sua vida havia tomado.
Faulkhead permaneceu em contato com Ellen após seu retorno aos Estados Unidos. Em sua carta de 20 de fevereiro de 1908 para ela, ele relembra os eventos que levaram à sua renúncia da Maçonaria e o tom é de apoio e apreciação a Ellen White. Esse documento indica que ele tinha “sido uma grande ajuda para muitos deles (maçons) e muitos se retiraram das associações como resultado do que eu havia dito a eles que aconteceu entre nós”.
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